Perlembagaan Persekutuan merupakan undang-undang tertinggi negara (Perkara 4(1) dan merupakan sebuah dokumen destini yang mengambilkira kehendak tempatan. Suruhanjaya Reid merupakan sebuah suruhanjaya bebas yang dibentuk pada 21 Mac 1956 ditubuhkan bertujuan untuk merangka Perlembagaan Persekutuan sebagai persediaan negara mencapai kemerdekaan pada 31 Ogos 1957. Sebanyak 118 persidangan telah diadakan dan 131 memorandum diterima daripada pelbagai lapisan masyarakat dan organisasi untuk dikaji dari bulan Jun hingga Oktober 1956. Perkara-perkara penting yang dibincangkan oleh suruhanjaya yang dipengerusikan oleh Lord William Reid (Hakim Mahkamah Rayuan England) seperti pembentukan sebuah kerajaan pusat, kedudukan istimewa Raja-raja Melayu, pengekalan hak-hak istimewa orang Melayu dan pelantikan seorang Ketua Negara berperlembagaan. Hasilnya, Perlembagaan Persekutuan Tanah Melayu yang mula terpakai pada 31 Ogos 1957 sehingga hari ini merupakan satu dokumen yang dapat diterima oleh semua pihak daripada pelbagai latar kaum, bangsa dan agama. Ia merupakan sebuah kontrak sosial yang dipersetujui oleh tiga etnik besar iaitu Melayu, Cina dan India yang membentuk Parti Perikatan pada masa itu.
Uniknya, agama Islam merupakan satu-satunya agama yang disebutkan di dalam Perlembagaan Persekutuan. Tiada nama agama lain yang terdapat dalam Perlembagaan, jauh sekali perkataan sekular. Ini adalah berbeza dengan negara-negara seperti Turki dan India yang secara jelas menyebut perkataan sekular dalam Perlembagaan mereka.
Bermula dari Perkara 3(1) diperuntukkan bahawa Islam merupakan agama bagi Persekutuan, namun agama-agama lain boleh diamalkan dengan aman dan damai di mana-mana bahagian Persekutuan. Perkara 3 juga memperuntukkan berkaitan kedudukan Raja sebagai ketua agama Islam bagi negeri-negeri manakala Yang di-Pertuan Agong pula hendaklah menjadi ketua agama Islam di Wilayah-wilayah Persekutuan Kuala Lumpur, Labuan, Putrajaya serta negeri-negeri yang tiada beraja seperti Melaka, Pulau Pinang, Sabah dan Sarawak. Bahagian I dan II Jadual Keempat menerusi Perkara 37 pula memperuntukkan lafaz angkat sumpah jawatan bagi Yang di-Pertuan Agong dan Timbalan Yang di-Pertuan Agong yang menyaksikan bahawa baginda berdua sentiasa memelihara agama Islam. Perkara 38 menerangkan tentang fungsi dan peranan Majlis Raja-raja seperti memilih Yang di-Pertuan Agong dan Timbalan Yang di-Pertuan Agong, memperkenan atau tidak memperkenan undang-undang dan melantik anggota Mahkamah Khas. Antara peruntukan lain di dalam Perlembagaan Persekutuan yang mengesahkan lagi kedudukan istimewa agama Islam ialah Perkara 12(2) yang membenarkan kerajaan membelanjakan duit negara bagi pembangunan agama Islam: “…tetapi adalah sah bagi Persekutuan atau sesuatu Negeri menubuhkan atau menyenggarakan institusi-institusi Islam atau mengadakan atau membantu dalam mengadakan ajaran dalam agama Islam…”
Meskipun Perdana Menteri Malaysia yang pertama, Tunku Abdul Rahman pernah menjelaskan dalam sesi Parlimen bahawa negara ini ialah negara sekular dan peruntukan Islam dalam Perlembagaan Persekutuan hanya untuk tujuan rasmi negara, namun kenyataan beliau tidak sama sekali menjejaskan kedudukan sebenar Perlembagaan Persekutuan yang tidak menyebut perkataan sekular. Begitu juga dengan kes Che Omar Che Soh lwn Pendakwa Raya [1988] 2 MLJ 55 yang mungkin dijadikan hujah bagi sesetengah peguam dan pengamal undang-undang yang mengiyakan Malaysia bukan negara Islam dan mengesahkan negara ini sebagai negara sekular. Dalam kes ini, perayu mempertikaikan tentang hukuman gantung mandatori bagi kesalahan mengedar dadah yang bercanggah dengan undang-undang Islam.
Pandangan Tun Salleh Abbas (Ketua Hakim Negara ketika itu) bahawa agama Islam bukan hanya semata-mata peribadatan khusus tetapi meliputi satu cara hidup merangkumi pelbagai aktiviti kehidupan sama ada individu mahupun kemasyarakatan seperti undang-undang, politik, ekonomi, sosial, kebudayaan, moral dan kehakiman wajar diteliti dalam mentakrif Perkara 3(1) tersebut. Perkara ini juga turut disokong oleh Hakim Datuk Mohd Noor Abdullah dalam memutuskan isu pemakaian serban oleh tiga murid sekolah melalui kes Meor Atiqulrahman dll lwn Fatimah Bte Sihi dll [2000] 5 MLJ 375. Beliau mengatakan bahawa agama Islam ialah ad-deen dan satu cara hidup, bukan khusus untuk upacara rasmi sahaja. Status Islam sebagai agama utama adalah mengatasi agama lain dan tidak boleh disamakan di negara ini. Malah agama Islam ibarat pokok jati yang tinggi menaungi agama-agama lain di Malaysia.
Profesor Emeritus Datuk Dr Shad Saleem Faruqi pula berpendapat lazimnya, peruntukan agama rasmi bagi negara tidak dimasukkan dalam Perlembagaan negara dalam sesebuah negara sekular dan tiada peruntukan serta bantuan diberikan bagi aktiviti-aktiviti agama. Jika dilihat di dalam Perlembagaan Persekutuan, perkataan ‘agama’ itu sendiri diulang tidak kurang daripada 20 kali. Agama diberikan penekanan dan kedudukan tinggi sekali gus membuktikan Perlembagaan Persekutuan bukan sekular kerana sekular bermaksud mengasingkan urusan duniawi dengan hal-hal keagamaan. Bapa Perundangan Negara, Profesor Emeritus Tan Sri Datuk Ahmad Mohamed Ibrahim juga tidak dapat menerima pandangan yang mengatakan negara ini sekular. Menurut beliau, Perkara 3(1) seharusnya meliputi undang-undang utama negara dan tidak disempitkan untuk upacara rasmi keagamaan semata-mata.
Menelusuri sejarah, undang-undang Islam merupakan undang-undang utama negara (law of the land) sebelum kedatangan penjajah Inggeris. Selain Islam, undang-undang ketika itu turut dipengaruhi elemen adat tempatan. Hukum Kanun Melaka yang kemudiannya menjadi rujukan dan contoh bagi negeri-negeri lain banyak mengandungi peraturan dan hukuman berlandaskan agama Islam dan adat Melayu. Hanya dengan kedatangan penjajah Inggeris telah membataskan sedikit demi sedikit undang-undang Islam terhad kepada undang-undang diri dan keluarga sahaja. Asalnya, dalam draf awal Perlembagaan tidak terdapat peruntukan Islam sebagai agama negara tetapi Hakim Abdul Hamid dari Pakistan telah membangkitkan persoalan tersebut dalam lampiran laporan Suruhanjaya Reid yang turut dianggotai beliau. Kemudian, satu peruntukan tentang Islam sebagai agama Persekutuan dimasukkan dalam perlembagaan atas cadangan Parti Perikatan tanpa mengenepikan hak bukan Islam dalam menganut, mengamal dan menyebar agama mereka. Namun begitu, agama-agama lain tidak boleh dikembangkan dan disebarluaskan kepada orang-orang Islam menurut Perkara 11(4). Berdasarkan bukti dan hujah yang diberikan menerusi beberapa peruntukan yang terdapat dalam Perlembagaan Persekutuan, kes-kes berkaitan dan pandangan-pandangan tokoh, Islam telah diletakkan di tempat yang tertinggi di negara ini dan ia bergantung kepada individu untuk menilai dan mentafsir kepentingan Islam mengikut konteks yang hendak diketengahkan. Penulis sekali lagi menegaskan bahawa Perlembagaan Persekutuan menjunjung tinggi kedudukan agama Islam dan ia bukan sama sekali sebuah perlembagaan sekular.